La maggioranza degli Svizzeri sono scettici o addirittura contrari all'impiego dell'ingegneria genetica nell'agricoltura e nell'alimentazione. I motivi sono di diversa natura. Innanzitutto, i prodotti GM ammessi non presentano oggi vantaggi concreti per i consumatori. Il dibattito sulle piante e sugli alimenti geneticamente manipolati è spesso caratterizzato da critiche grossolane e da pericoli ipotetici. Ciò nonostante i prodotti GM finora autorizzati si siano rivelati sicuri per l'uomo, gli animali e l'ambiente. Proprio come ancorato nella legge sull'ingegneria genetica e quella sulle derrate alimentari: I prodotti GM vengono ammessi dalle autorità solo se allo stato attuale della scienza si possono escludere dei rischi per la salute e l'ambiente.

Il secondo pilastro accanto alla tutela della salute è quello della protezione contro l'inganno dei consumatori: In Svizzera, i prodotti GM devono essere etichettati. L'ordinanza sulle derrate alimentari prevede che un alimento deve essere considerato geneticamente modificato se contiene OGM in misura superiore allo 0,9 % in massa. Tale limite di tolleranza è stato inserito perché durante il raccolto, il trasporto o la lavorazione è praticamente impossibile evitare un contatto indesiderato fra prodotti convenzionali e GM. Nei foraggi, il limite di tolleranza è ugualmente dello 0,9 %, nelle semenze è invece dello 0,5 %.

La legge protegge anche la produzione agricola esente da organismi geneticamente modificati. È incontestabile che la convivenza di sistemi di coltivazione con o senza ingegneria genetica in superfici agricole così ridotte come quelle svizzere, è estremamente complessa da realizzare. Diversi studi hanno però dimostrato che la coesistenza - a seconda della specie vegetale - è possibile. Nella patata, per esempio, il pericolo di esincrocio (outbreeding) per pollinizzazione è escluso poiché la patata si riproduce per tuberi. Anche il frumento non è problematico, essendo una pianta autogama la cui riproduzione avviene per autofecondazione. Nel mais basta una distanza d'isolamento di 50 metri fra un campo con o senza OGM per ridurre il rischio d'ibridazione spontanea al di sotto dello 0,5 %. Ma esistono altre colture, come la segale, il cui polline vola molto lontano senza perdere la propria fecondità. In questo caso è molto difficile separare nettamente le varietà. È inoltre necessaria una separazione del flusso di merci al momento del raccolto e della trasformazione.